El Departamento de Auditoría Interna es el órgano administrativo que depende de la Coordinación General de Finanzas, encargado de supervisar el control interno y llevar a cabo la vigilancia de la administración universitaria, correspondiéndole las siguientes funciones:

1. Planear, organizar y coordinar el sistema de prevención, control y vigilancia de la administración universitaria, así como inspeccionar el gasto y su congruencia con el presupuesto de egresos, debiendo informar al Comité, a través de la Coordinación General de Finanzas, la calendarización semestral de las auditorías y otras actividades programadas.
2. Realizar visitas y auditorías a las dependencias de la Universidad, a efecto de supervisar el cumplimiento de las normas de control y procedimientos establecidos, conforme a la calendarización de actividades programadas.
3. Requerir discrecionalmente de las dependencias competentes, la instrumentación de normas complementarias para el ejercicio de facultades que aseguren y fortalezcan el control interno de la Universidad.
4. Participar en la Comisión Evaluadora de Bienes Muebles.
5. Vigilar la aplicación de las normas y procedimientos establecidos para la adquisición de bienes y contratación de servicios que soliciten las dependencias universitarias, así como las normas y procedimientos para el manejo y control de almacenes, inventarios, avalúos, bajas de maquinaria, mobiliario, equipo y demás bienes muebles e inmuebles que formen parte del patrimonio universitario.
6. Intervenir y servir de apoyo en los actos de cambio de los funcionarios y empleados de las facultades, escuelas, institutos y dependencias de administración central universitaria, en coordinación con el Departamento de Patrimonio.
7. Intervenir y servir de apoyo en los actos de cambio de titular, entrega y recepción de los departamentos de la Coordinación General de Finanzas, asimismo, en los actos similares que la institución así lo requiera, en coordinación con el Departamento de Patrimonio.
8. Conocer e investigar los actos, comisiones o conductas de los funcionarios y empleados universitarios, para que en caso de determinar responsabilidades o irregularidades que afecten el patrimonio universitario, se turne a la Dirección de Asuntos Jurídicos, con copia para el Comité.
9. Informar por escrito al titular de la Coordinación General de Finanzas, con copia al Comité, el resultado de las revisiones y evaluaciones de las dependencias, conforme se vayan concluyendo las auditorías internas y obteniendo resultados.
10. Elaborar trimestralmente un informe detallado de la situación que guardan las auditorías y su avance a la Coordinación General de Finanzas, con copia para el Comité Permanente de Finanzas; y
11. Las demás que le confiera la Legislación Universitaria.