El Departamento de Contraloría Interna es el órgano administrativo que depende de la Coordinación General de Finanzas, encargado de emitir la normatividad contable y de control interno, así como la consolidación de la información financiera de la Universidad, correspondiéndole las siguientes funciones:

1. Emitir la normatividad en que las dependencias deberán llevar su registro y, en su caso, la forma y términos en que elaborarán los informes financieros de cada entidad, a fin de consolidar la contabilidad universitaria, así como examinar periódicamente el funcionamiento del sistema y los procedimientos de registro para autorizar sus modificaciones o simplificaciones.
2. Cuidar que cada dependencia lleve registro contable de sus operaciones, conforme a los lineamientos del manual del sistema integral de contabilidad universitaria.
3. Recibir en tiempo y forma la información financiera, presupuestal y contable que mensualmente le presentarán las dependencias, en cumplimiento a las disposiciones normativas emitidas en base a la fracción I de este artículo.
4. Consolidar la información financiera que emanen de las dependencias, para formular los estados de situación financiera y de resultados, y la información analítica que requieran las autoridades universitarias, de conformidad a la legislación vigente.
5. Presentar trimestralmente, para su análisis y revisión, los estados financieros de la Universidad al Comité por conducto de la Coordinación General de Finanzas.
6. Presentar mensual y trimestralmente a dependencias federales y estatales los informes contables, financieros, presupuestales y de gestión que correspondan; y
7. Las demás que le confiera la Legislación Universitaria.