Desde el inicio de sus funciones, la Universidad Autónoma de Chiapas cuenta con un Comité Permanente de Finanzas integrado por cinco personas de reconocido prestigio y solvencia moral y económica, designados por la Junta de Gobierno y duran en su cargo cuatro años, sin percibir retribución o compensación alguna, el Comité a su vez cuenta para su funcionamiento con un (a) Coordinador (a) General de Finanzas, quien para sus funciones se auxilia con los departamentos de:

1.-De Caja General
2.-De Finanzas
3.-De Contraloría Interna
4.-De Auditoría Interna
5.-De Patrimonio Universitario